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什么时候需要对二进制文件进行管理是很明显的：你通常使用的是二进制文件，把它们放到版本控制时，要注意的一些额外的问题。
版本控制的一个基本功能是显示两个修订版之间的差异。
例如，如果某人检入了一个文件的新版本， 也许你想看看这个版本有什么变化并想确定这些改变的好坏。
对于文本文件 cvs 是通过 cvs diff 命令来提供该功能。
对于二进制文件，一种可能的做法是：首先抽取这两的修订版本，然后使用 cvs 外部工具（例如，字处理软件通常都具有这样的功能）来比较它们。
如果没有这样的工具，那么必须通过其他的机制来跟踪改变，例如督促人们认真记录日志信息，并希望他们实际所作的改动就是他们想要改的。
版本控制系统的另一个功能是合并两个修订版。 对于 cvs，两种环境下发生这种情况。 一是用户所作的改变是在不同的工作目录下(参阅 Multiple developers)。 第二是是某人用 `update -j' 命令显式合并时(参阅 Branching and merging)。
对于文本文件，cvs 可以独立地合并，如果有冲突还可以给出冲突信号。 而对于二进制文件，cvs 的最好做法是提供两个文件的不同副本，让用户自己解决冲突。 用户可以任选其中一个副本，或者通过能处理该格式文件的合并工具来解决这个问题。 注意，让用户解决合并，主要靠用户不会偶然忽略一些改变，因此会有潜在的错误发生。
如果不喜欢上述处理方式的话，最好的解决办法是避免合并。 如何避免由于不同的工作目录引起的合并，参见 Multiple developers 里关于保留的检出方法（文件加锁）的讨论。 为了避免由于分支引起的合并，还要限制使用分支。